機器分析とデータサイエンスの組み合わせで、分子間相互作用の知見を獲得できます。
創薬課題へのアプローチ
創薬における課題
NMR…Nuclear Magnetic Resonance( 核磁気共鳴分光法) MD…Molecular Dynamics（分子動力学）
体内のタンパク質と、医薬品候補化合物（リガンド）の相互作用の様子を詳しく知りたい
PDB ID : 3HTB
Boyce, S.E., Mobley, D.L., Rocklin, G.J., Graves, A.P., Dill, K.A., Shoichet, B.K.,
“Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.” (2009)
https://doi.org/10.2210/pdb3HTB/pdb
POINT
実験と計算を組み合わせることで低コストで高い信頼性のある解析を実現
タンパク質-リガンド間相互作用解析
NMRの分析結果と最も類似度の高いMD計算結果を探索
BSAとL-トリプトファンの結合ポーズの分析結果
BSA…Bovine Serum Albumin（ウシ血清アルブミン）
PDB ID : 4F5S
Bujacz, A., “Structures of bovine, equine and leporine serum albumin.” (2012)
https://doi.org/10.2210/pdb4F5S/pdb
※点線は、NMR分析結果と類似性の高い一定時間内のMD計算結果から算出された、BSAとL-トリプトファンが形成する水素結合を示す
※水素結合の形成確率の高さを色の濃度で表している
POINT
分子間相互作用の詳細な情報の解析が可能
