リアルタイムPCR法（プローブ法）により、SNPの解析が可能です
概要
リアルタイムPCR法とは、PCR反応によるDNA断片の増幅を1サイクルごとに蛍光シグナルとして検出する方法です。リアルタイムPCR法のうちプローブ法を利用するSNP（※）解析を紹介します。
レポーター（蛍光色素）とクエンチャー（消光物質）を標識した特異的な塩基配列（プローブ）を用いて、下に示す①～③の3つのステップを繰り返します。塩基によって異なるレポーターを用いることで、蛍光強度からSNPの塩基を判別します。
各ステップでの反応
① 熱変性
DNAを二本鎖から一本鎖にする
② アニーリングとハイブリダイゼーション
プライマーとプローブがそれぞれ特異的に
一本鎖DNAに結合する
③ 伸長反応
プライマーによる伸長反応によってプロー
ブが分解され、クエンチャーからレポーター
が遊離することで蛍光を発する
※Single Nucleotide Polymorphism：一塩基多型
測定例： 対立遺伝子「C」と「T」のSNP解析
2種類の塩基の増幅をもとに分類し、SNPの塩基を決定します。
※「CC」と「ＴＴ」はホモ型を、「ＣＴ」はヘテロ型を示しています。
• 測定の結果、3つの型に分類されなかった場合は、出現頻度に基づいて塩基を推定します。
• 事前にポジティブコントロールを作成することで、確実に分類することも可能です。
