サンプル中の細菌について、単離・培養せず、DNAから分析します
概要
細菌は種類によって生育環境も様々で、単離・培養が困難な細菌も多数存在します。
そこで、細菌も例外なく持つ、生命の設計図であるDNAを抽出・分析することで、単離や培養を行わずに、存在する細菌を調査することが可能となります。
ここでは、細菌DNAをターゲットにシーケンシングし、そのデータから存在細菌を推測する細菌叢（そう）解析と、リアルタイムPCR法にて細菌数を調査する方法について、分析例を紹介します。
分析例
異なるエリアから採取した、2つの土に生息する細菌を比較
土サンプルからDNAを抽出し、目的に応じた分析を行います。
| 存在細菌の調査 （細菌叢解析） | 細菌数の調査 |
次世代シーケンサーによる
細菌の同定、検出割合の算出
細菌DNAで保存性の高い16S rRNA領域の一部をターゲットとしてシーケンシングし、得られたDNA配列からサンプル中の細菌を同定、データの数から検出割合等を算出します。
リアルタイムPCRによる
DNAコピー数の定量・細菌数の推定
細菌が持つ特定の遺伝子をターゲットとし、PCR（ポリメラーゼ連鎖反応）を利用して遺伝子のコピー数を定量し、そこから細菌数を推定します。
POINT
